A parte da logística no e-commerce pode ser uma problemática devido às dimensões do Brasil e dificuldades de infraestrutura. Deve se considerar diferentes prazos de entrega, diferentes valores de frete e diferentes fornecedores dependendo do tipo de produto.

Deve existir um forte relacionamento com a transportadora, pois é ela quem leva a imagem da empresa ao consumidor final. Sem um cuidado no transporte possibilitando a danificação de um produto pode prejudicar a imagem da empresa. De nada vai adiantar investir em mídia, produto, pessoas, plataforma se um dos pilares do processo é falho. Se um produto chega danificado ao consumidor ele vai causar danos à imagem da empresa alem de ter custos adicionais com a logística reversa. É o caso de mix de produtos com diferentes dimensões, é o caso de grandes varejistas que tem que administrar as transportadoras por dimensão de produto e para diferentes regiões do país a ser entregue.

Também faz parte do processo logístico às trocas e devoluções que de acordo com o segmento de atuação pode ocorrer com maior frequência, é o caso do setor de moda e calçados aonde à política de trocas faz parte da estratégia comercial e deve ser considerada no processo logístico.

O prazo de entrega é fator decisório no processo de compras e influi diretamente no sucesso de vendas, as empresas devem ter estratégias e políticas diferenciadas por produtos para atender esta demanda e alcançar as metas de vendas. Como exemplo temos casos de entregas expressas, que acontecem no mesmo ou no próximo dia em determinadas regiões do Brasil ou estratégias de empresas que trabalham sem estoque, que tem um prazo de entrega bastante estendido, pois fazem primeiro a coleta no fornecedor e depois enviam ao cliente final.